Après une carrière de joueur à Limoges, St Brieuc, Reims, Golbey-Épinal, puis au Havre où il a joué un rôle majeur dans la montée en Pro A en 2000 et le maintien du club en 2001, Jean-Manuel Sousa a pris le rôle d’entraîneur au sein du Centre de Formation. Là, il a formé de nombreux joueurs qui ont connu des carrières remarquables, tels que Ian Mahinmi, Fabien Causeur, Romain Duport, Rudy Jomby, ou encore Pape Sy. Il a également remporté deux titres de Champion de France Espoirs Pro A.
Il fut ensuite l'entraîneur de l’équipe professionnelle du STB Le Havre avant de partir pour Cholet puis à St Quentin. Il revient au Havre quand le club est redescendu en Pro B, au centre de formation avec une équipe en Nationale 3.